衣原體感染主要是經性接觸染上衣原體細菌所致，是引致非淋菌性尿道炎最常見的病菌。通常潛伏期約七至二十一天。

病徵

男性的病徵包括小便刺痛、排尿困難，於尿道有白色或透明分泌物。

女性則可能會感到下陰痕癢、陰道分泌增加，也可能有盤腔或小腹疼痛、排尿困難，或有非經期陰道出血等。

不過由於大約七成女性及三成男性並無任何病徵，所以感染者有很大機會在不知情的情況下傳播病菌的。

併發症

男性若受衣原體感染，嚴重者會引致尿道炎、前列腺炎、附睾丸炎、睪丸炎、精囊炎、輸精管炎等，更嚴重者可能引致不育。

女性患者，感染多會由陰道進入子宮並開始散播到輸卵管，除了尿道炎外，可引起盤腔炎、子宮頸炎、子宮炎等，同時間輸卵管組織會受到衣原體病菌破壞，做成輸卵管發炎及黏連等現象，可引致日後宮外孕或不育等的嚴重問題。

如孕婦在不知情的情下受衣原體感染，在分娩時有機會把病菌經產道傳染給嬰兒，可能導致嬰兒患上衣原體眼睛結膜炎或肺炎。

診斷

一般衣原體檢查都需要在尿道或陰道抽取樣本作檢查，現在最新及準確的方法是用DNA測驗尿液或分泌物中有沒有衣原體的DNA。由於以往種菌的方法可靠性不高，要是病菌在搜集或運送的過程中死去，便會產生錯誤的結果。但用DNA測驗的方法，不論病菌是生是死都可以準確知道。而一般血液測試並不能準確知道現在感染情。

治療

衣原體感染可以用抗生素治療，程序簡單，但若產生併發症，治療程序就會複雜得多，有可能需要住院及引致永久的後遺症，因此患者應及早接受診斷和治療。