衣原体感染主要是经性接触染上衣原体细菌所致，是引致非淋菌性尿道炎最常见的病菌。通常潜伏期约七至二十一天。
病徵
男性的病徵包括小便刺痛、排尿困难，於尿道有白色或透明分泌物。
女性则可能会感到下阴痕痒、阴道分泌增加，也可能有盘腔或小腹疼痛、排尿困难，或有非经期阴道出血等。
不过由於大约七成女性及三成男性并无任何病徵，所以感染者有很大机会在不知情的情况下传播病菌的。
并发症
男性若受衣原体感染，严重者会引致尿道炎、前列腺炎、附睾丸炎、睾丸炎、精囊炎、输精管炎等，更严重者可能引致不育。
女性患者，感染多会由阴道进入子宫并开始散播到输卵管，除了尿道炎外，可引起盘腔炎、子宫颈炎、子宫炎等，同时间输卵管组织会受到衣原体病菌破坏，做成输卵管发炎及黏连等现象，可引致日後宫外孕或不育等的严重问题。
如孕妇在不知情的情下受衣原体感染，在分娩时有机会把病菌经产道传染给婴儿，可能导致婴儿患上衣原体眼睛结膜炎或肺炎。
诊断
一般衣原体检查都需要在尿道或阴道抽取样本作检查，现在最新及准确的方法是用DNA测验尿液或分泌物中有没有衣原体的DNA。由於以往种菌的方法可靠性不高，要是病菌在搜集或运送的过程中死去，便会产生错误的结果。但用DNA测验的方法，不论病菌是生是死都可以准确知道。而一般血液测试并不能准确知道现在感染情。
治疗
衣原体感染可以用抗生素治疗，程序简单，但若产生并发症，治疗程序就会复杂得多，有可能需要住院及引致永久的後遗症，因此患者应及早接受诊断和治疗。
